MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921 plasmid unnamed

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021843	ACA	2	6	22	27	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021843	GTTC	2	8	38	45	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021843	AAGT	2	8	179	186	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021843	CT	3	6	309	314	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021843	TGCCTT	2	12	363	374	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	525933419
6	NC_021843	TTC	2	6	430	435	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	525933419
7	NC_021843	TCTCA	2	10	436	445	20 %	40 %	0 %	40 %	525933419
8	NC_021843	CTG	2	6	465	470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933419
9	NC_021843	CCT	2	6	518	523	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	525933419
10	NC_021843	T	7	7	591	597	0 %	100 %	0 %	0 %	525933419
11	NC_021843	TCA	2	6	599	604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021843	TTA	2	6	703	708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021843	TGG	2	6	737	742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021843	AAG	2	6	817	822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021843	A	7	7	914	920	100 %	0 %	0 %	0 %	525933420
16	NC_021843	CGC	2	6	945	950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933420
17	NC_021843	CGC	2	6	1013	1018	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933420
18	NC_021843	CCGCTG	2	12	1078	1089	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	525933421
19	NC_021843	TGC	2	6	1118	1123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
20	NC_021843	CCGC	2	8	1125	1132	0 %	0 %	25 %	75 %	525933421
21	NC_021843	GCT	2	6	1184	1189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
22	NC_021843	CCTG	2	8	1205	1212	0 %	25 %	25 %	50 %	525933421
23	NC_021843	CGCT	2	8	1228	1235	0 %	25 %	25 %	50 %	525933421
24	NC_021843	AGT	2	6	1319	1324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	525933421
25	NC_021843	CTG	2	6	1326	1331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
26	NC_021843	GCT	2	6	1334	1339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
27	NC_021843	CAG	2	6	1350	1355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933421
28	NC_021843	ATC	2	6	1396	1401	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	525933421
29	NC_021843	CCCG	2	8	1422	1429	0 %	0 %	25 %	75 %	525933421
30	NC_021843	GCG	2	6	1452	1457	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	525933421
31	NC_021843	CT	3	6	1498	1503	0 %	50 %	0 %	50 %	525933421
32	NC_021843	TTC	2	6	1522	1527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	525933421
33	NC_021843	CTG	2	6	1560	1565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
34	NC_021843	CCA	2	6	1572	1577	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	525933421
35	NC_021843	CAG	2	6	1602	1607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933421
36	NC_021843	GCA	2	6	1652	1657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933421
37	NC_021843	GGC	2	6	1713	1718	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	525933421
38	NC_021843	TTCTC	2	10	1724	1733	0 %	60 %	0 %	40 %	525933421
39	NC_021843	CTG	3	9	1806	1814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933421
40	NC_021843	C	6	6	1894	1899	0 %	0 %	0 %	100 %	525933421
41	NC_021843	ATGCTG	2	12	1913	1924	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525933421
42	NC_021843	CAC	2	6	1939	1944	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	525933421
43	NC_021843	CCG	2	6	2089	2094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933421
44	NC_021843	CAG	2	6	2209	2214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933421
45	NC_021843	GCC	2	6	2247	2252	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933421
46	NC_021843	TCC	2	6	2438	2443	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	525933421
47	NC_021843	CAG	2	6	2491	2496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933421
48	NC_021843	ACCGG	2	10	2504	2513	20 %	0 %	40 %	40 %	525933421
49	NC_021843	CCG	3	9	2516	2524	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933421
50	NC_021843	ATC	2	6	2549	2554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	525933421
51	NC_021843	CAGCG	2	10	2615	2624	20 %	0 %	40 %	40 %	525933422
52	NC_021843	GCC	2	6	2651	2656	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	525933422
53	NC_021843	GTT	2	6	2690	2695	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	525933422
54	NC_021843	AGC	2	6	2718	2723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933422
55	NC_021843	GCGG	2	8	2753	2760	0 %	0 %	75 %	25 %	525933422
56	NC_021843	CAG	2	6	2822	2827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933422
57	NC_021843	TGC	2	6	2869	2874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525933422
58	NC_021843	CCT	2	6	2893	2898	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_021843	CGGG	2	8	2912	2919	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021843	GCG	2	6	2934	2939	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021843	CCT	2	6	3143	3148	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_021843	GCG	2	6	3184	3189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021843	GCG	2	6	3259	3264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021843	C	6	6	3288	3293	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
65	NC_021843	GGC	2	6	3329	3334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021843	C	6	6	3517	3522	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
67	NC_021843	ATC	2	6	3557	3562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021843	GCA	2	6	3601	3606	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021843	TGG	2	6	3694	3699	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021843	ACC	2	6	3764	3769	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_021843	GGT	2	6	3776	3781	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021843	T	6	6	3781	3786	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021843	AAG	2	6	3829	3834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021843	CT	3	6	3916	3921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021843	AAAC	2	8	3925	3932	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021843	A	7	7	3943	3949	100 %	0 %	0 %	0 %	525933423
77	NC_021843	AAGA	2	8	3954	3961	75 %	0 %	25 %	0 %	525933423
78	NC_021843	T	8	8	3962	3969	0 %	100 %	0 %	0 %	525933423
79	NC_021843	GTT	2	6	4033	4038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	525933423
80	NC_021843	AGA	2	6	4164	4169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	525933423
81	NC_021843	CAG	2	6	4282	4287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	525933423
82	NC_021843	TGT	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	525933423
83	NC_021843	AC	3	6	4419	4424	50 %	0 %	0 %	50 %	525933423
84	NC_021843	CTA	2	6	4559	4564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021843	A	6	6	4607	4612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021843	CGA	2	6	4615	4620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021843	GCT	2	6	4663	4668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.